Se considera fundada en 1431, por los Duques de Medina Sidonia en el monasterio de Santo Domingo de Silos, que tal vez es la actual parroquia de San Benito, en la Calzada de la Cruz del Campo. En 1477 consta documentalmente la aprobación de sus primeras Reglas.
Tras estar en Santiago de la Espada y el convento del Valle, mantuvo su sede en San Lorenzo desde 1703 a 1965. En dicho año se trasladó a su templo propio. La Santa Sede concedió categoría de basílica menor a este templo. En 1995 el Señor recibió la Medalla de Oro de la Ciudad de Sevilla.